2017年に神戸市立六甲アイランド高校1年（当時）の男子生徒が、校舎から飛び降りて重体となった事故について、調査委員会は12月11日、神戸市教育委員会に報告書を提出した。教員の長時間にわたる生徒指導が、飛び降り事故の要因であると結論付けた。
事故は17年12月に発生。当時、4人の男子生徒のグループ内でSNS上のトラブルが起こり、問題を把握した学校は関係する生徒3人に別室指導を行った。このうちの1人は、午前8時から午後3時半ごろまで長時間にわたり指導を受け、指導した教員からは退学を示唆する発言があった。
指導後、この生徒は遺書を書き、「退学になったら死ぬ予定だ」などの言葉を友人にSNSで送っていた。
その翌日もその生徒に対して午前8時から別室指導が行われ、午後5時ごろ、指導していた教員が部屋を離れた間に、生徒が5階の校舎の窓から飛び降り、重体となった。
報告書では、こうした経緯を踏まえ、学校の生徒指導体制の在り方を問題視。2日間で計16時間にわたって生徒を拘束した別室指導は、生徒の学習権を奪い、個人の尊厳を脅かしているとし、こうしたゼロトレランス方式などを過剰に結び付けた威圧的・権力的指導に疑問を呈した。
その上で、再発防止策として、別室指導は時間や日数を必要最小限にし、生徒の学習権や人格権に十分配慮することや、生徒への尊重・共感を持って事実関係を見つめさせるような生徒指導をすること、いじめなどの加害者と認定されることへの生徒のトラウマにも配慮することなどを提言した。